De flesta av byggnaderna är små pingstkyrkor. Men en moské har också stängts.
En regeringstjänsteman berättade för brittiska BBC i slutet av februari att några av de stängda byggnaderna redan hade öppnats efter att de godkänts av inspektörer.
Enligt en föreslagen ny lag måste samtidigt alla predikanter ha teologisk träning innan de får öppna en kyrka.
Pingstkyrkor, som ofta drivs av karismatiska predikanter som hävdar att de kan utföra mirakel, har enligt BBC vuxit snabbt i många delar av Afrika de senaste åren.
Vissa kyrkor är stora och lockar tusentals besökare varje söndag – andra består bara av enkla och små strukturer som uppförts utan byggnadstillstånd.
Kyrkans ledare har då och då kritiserats för att locka gudstjänstbesökare med högljudda utrop utomhus.
